Beyond the Silence

Sound of Science

研究

次世代シーケンサ解析で覚えたRの小技

まだ論文を書いている。まとまった仕事としては留学中の最後の1報になる予定のもので、正真正銘1st authorの論文。専門外のことが多くて非常に難産。 今回の記事はこれの続き。こういうデータ解析には必須のソフトウェア、Rの使い方を少しずつ覚えてきたので…

ききしより眺めにあかぬ厳島

先週末、広島へ学会出張にでかけた。 日本中の同業者が集う総会への出席のためである。今回幸いにして口演の機会を得たので (学会の規模が大きいため多くはポスター演題に回る)、いつものように発表前夜までスライドを作っていた。 予定時間を少しオーバーし…

2017フライト記録3〜8 北米出張with旅のラゴス

前回記事でも少し触れたが、今回のフライト記録を残しておきたい。 飛行機の中で読んだ、筒井康隆「旅のラゴス」の感想文とともに。 www.aurora3373.net 行きはFUK→NRT→DFW→BWI 帰りはBWI→BOS→NRT→FUK。青はプレミアムエコノミー、赤はビジネス。いずれも元…

北米出張、国際学会

2017年初の国際学会出張。 この学会は主に耳の基礎研究という非常にマニアックな分野の学会で、この道の大家達がこぞって参加する。よくみる論文のラストオーサーや、雑誌の編集長などがそのへんを歩いている。出した演題が良ければ質問も飛んでくる。そうい…

2016/2017 振り返りと抱負

今週のお題「2017年にやりたいこと」 ・・・に乗っかって、2016年の総括と2017年の野望について語りたい。 // スポンサーリンク 2016年総括 帰国した。それに尽きる。このブログのタイトルである聴覚障害の克服に、ほんの少しでも貢献できたかなと思える留学で…

立ち位置とキャラと人望についてのとりとめない考察

年末の忘年会シリーズで、久しぶりに職場関係の人たちに多く会って、表題のようなことを考えた。 留学中は職場 (またの名を医局ともいう*1 )の人と接する機会も少なく、いろんなしがらみを綺麗サッパリ忘れて過ごしたのだが、やはり帰ってきて今後の自分たち…

時折訪れる心の闇と光と枕

今日は午前中はちょっとした買い物に出かけて、オフを楽しく過ごすことができた。24時間携帯電話は手放せないとはいえ、オンオフがある程度はっきりしている今の職場は気に入っている。 夕刻が近づくにつれ、なんか心のモヤモヤが大きくなってきて、(家では)…

刺激を受け続ける必要性

絶賛学会参加中。 診療や研究、教育といった業務のほかに、自己研鑽も仕事のひとつ。毎年秋になると全国各地で○○学会とか○○研究会とかが行われるので、専門医の単位取得*1や旅行も兼ねて、自分の興味のある分野の学会に参加する。 そこでは日常業務から少し…

論文大詰め

日本で再就職して最初の1か月が慌ただしく過ぎていった。ようやく納得のいく形で論文を書き上げたので、それを共著者とボスに送って、久しぶりの一息をついた。 ブログにも何度か登場したこの論文、もはやブログネタ化しているきらいもあるのだが、書き始め…

研究留学のもうひとつの醍醐味

帰国して1か月近く経ち、ようやく日本の風土に慣れつつある今日この頃。 そんなある週末、留学中にお世話になった人々のうち、今近くに住んでいる2家族と食事会をしてきた。 自分の留学した町はそれなりに日本人研究者も多く、家族で来ている人、単身で来て…

難産

論文の話です。 留学生活の後半、とくに最後の3か月を費やした解析のデータを論文にする作業、当初は去年いっぱいで形になるはずだったのだが、想定外の結果が出たりして少しずつ形を変え、最終的なstoryになったのが今年の春。 それからはひたすら説得力の…

北米から日本に帰国して驚いたこと

帰国して3週間が経った。打線を組もうかと思ったが、野球詳しくないので普通に書くことにする。 日本語が通じる いつでもどこでも母国語で意思疎通ができるのがこんなに楽だとは思わなかった。ちょっと聞きたい事、詳しく知りたい事など何でも聞いてしまう。…

帰国を機にはてなブログProに移行

台風のトリプルコンボに見舞われながらも無事に帰国しました。 やるべきことは山ほどあり、それは追々記事にしていこうと思いますが、9月からの新しい職場に提出する書類仕事が一段落したので、Jet lagの中、ブログ徘徊+更新中。 ・・・ このブログを始めた…

引越し準備

あっという間に8月になった。 そろそろ帰国の準備が本格化してきた。海を挟んだ引越しは大変である。 勿論、普通の引越しでもかなり大変で、昔同じ町内でワンルームから3LDKに引っ越したときも2晩徹夜した。 今回はその海外版で、しかもチョロチョロと動き回…

1歳の誕生日

引っ越しの準備とか実験の追い込みとか送別会とかでの過密スケジュールの中、先日下の子が1歳になった。こちらでは子供の誕生日とか結婚記念日とかのスペシャルイベントの時はもちろん、普通の金曜日ですら午後はかなり早めに仕事を上がる人が多いが (もちろ…

実験の日々

ラボに行く残り日数が10日を切った。 先日アクセプトの報があった3rd authorとしての論文は、今いわゆるin pressの状態だ。曲がりなりにも論文2つ、うち1つは筆頭著者 (のひとり)として携わることができ、留学中遊んで暮らしていたのか、とは言われない程度…

2つめの論文アクセプトと、3つめの思いがけない難産

数日間旅行に行っていてブログ更新も巡回もできてなかった。久しぶりに職場にいくのにかなりの精神力を要したが、案の定いつもの倍くらい疲れて帰宅。 そんな中嬉しいニュースもあった。本当は旅行中に分かっていたのだが (ボスからは容赦ないメールが連日き…

カウントダウン

刻一刻と迫る帰国の日。減る残り時間。もうずっとカウントダウン中だ。 論文執筆も大詰め。全く違う実験系で国際学会に出すためのデータ出しをしていてなかなか100%で取り組めなかったが、書き物仕事は夜自宅でやるという自分のスタイルに立ち返って何とかア…

7月1日

少し更新の間隔があいてしまった。月が替わってスマホの通信容量制限がクリアされたので、やっと心おきなく使える。 こちらにきてすぐ買ったiPhoneの契約は、妻とデータシェアプランで合計2GB/月で月額30ドル。本体回線料が60ドルずつかかるのでiPhoneだけで…

夏至

夏至、一年で最も昼の長い日。英語ではthe summer solsticeというらしい。太陽が立ち止まる的な語源のようで、太陽の高さを長年観測していないとこんな発想は出てこない。ちなみに春分と秋分はthe spring (autumn) equinox. 等しい夜、の意だそうで。 通勤途…

2種類の研究者像: 天才と努力

Twitterで某大学医学部准教授の先生 (医師ではない"純粋な"研究者)*1が、id:tsunaponさんとのやりとりの中で極めて重要なことを指摘されていた。この話は0を1にするタイプの天才とそれ以外についての話。ブックマークしておきたいので、とりあえず貼る。@tsu…

次世代シーケンサ解析で使ったエクセルの小技

マニアックすぎる自分用まとめ。当方エクセル初心者につき、エクセルマスターの諸兄、もっと良い方法があればご教示ください。 リスト用のシートを作って、そのリストにある項目を膨大なデータの中から抽出してくる方法 エクセルでヒートマップを描く方法 に…

一区切り

1年と少し、地域の日本人研究者会の代表をやっていたのだが、昨日幹部交代式があり、ようやく肩の荷が下りた。 純粋に研究だけをやるのであれば、こういった仕事は雑用でしかないのだが、元々人付き合いのあまり得意でない自分*1にとっては多様な出逢いの場…

3つめの論文第1稿、そしてブログの意味

もう5月も終わり。あっという間に6月がやってきた。こちらには梅雨はないが、夏は夕方を中心に大雨が降ることがある。まるで南国のように湿度が高い日もあってうんざりするが、日本はこんなもんじゃないと思い直す。 p-shirokuma.hatenadiary.com 少し前に、…

論文を日本語で書いて英語に訳すか、最初から英語で書くか

…という記事をupしようと思うところが既に現実逃避なのですが。 自分は大学院生の時まではまず日本語で書いていた。論文の書き方も全く知らなかったので当然といえば当然か。教官に指導してもらったり (1歳しか違わないのだが、回り道+医学部+研修医を経た…

日々の記録とエクセルと研究

留学生活にも終わりが見えたからか、月日が過ぎるのが早い。早すぎる。今回はここ1か月分くらいのまとめ日記的な記事。 次世代シーケンサのデータ解析も不慣れでなかなか進まないが、それなりの数の研究者が途中で放り出してしまうとのこと。数千ドルかかる…

ナイアガラフォールズ

トロントで開催された人工内耳関連の国際学会に参加してきた。 それには日本から医局の教授も来られたので、学会前日にナイアガラフォールズへ1日観光に出かけた。写真はNikonD40+NIKKOR DX 16-85mmで撮影。 アメリカ滝。小さいけどこちらの滝のほうが美し…

論文書き書き中 〜効率の良い書き方についての記録〜

日本はGWだそうですが、こっちは絶賛仕事中ですこんにちは。 週末、節句の写真を撮りにいってきましたが、子供の写真写りの悪さにガッカリ。親譲りなのでしょうがないです。写真撮影の後はお友達のBirthday partyへ。indoor playgroundで、子供達は皆楽しそ…

論文書きはなかなか進まず

少し前まで自分はマルチタスク型人間だと信じていたが、どうやらそうではなかったようだ。 Wetの実験とDryのアッセイを並列でやりつつ論文を書いているのだが、肝心の論文が一向に進まない。妻からも自分はシングルタスク人間だと言われているし笑*1、論文は…

路線変更とオーサーシップの話

毎週ボスとミーティングしている。いつもは水曜だが今週は水曜午前中に外出していたので、2日延期して金曜になった。 aurora3373.hatenablog.com ちなみにこのSP5、どっかのラボがずっと予約入れてて2週間後まで使えないので、対抗してそれ以降毎週金曜を押…

ライカ SP5 Lover

ダウンタウンにある本学のイメージングラボに実験にきています。でかい画像をzスタックかけて撮ると10分くらいかかるので、その間に更新という初の試みをやってみる。 なんも見えねぇ… ちゃんとしたディスプレイだと見えた。赤い光は励起光のレーザー という…

人事と新人

ラボに新人さんがやってきた。 絵に描いたような金髪長身の北欧美人。自分の後任である。数か月オーバーラップするので、その間に実験の継承に必要な技術と知識を習得して頂かねばならない。大学院ではnanobiologyを専攻していたらしい。共通点がなさすぎて…

夢をあきらめない

突然ですが、宇宙飛行士を目指そうと思います。 ・・・というのは嘘で、難聴持ちの自分にはそもそも応募資格がないのだが、小さい頃からずっと宇宙への憧れがあった。友人が「宇宙兄弟」を自炊したものを持ってて、少し借りて読んだら止まらなくなって、Amazon…

海外ポスドク2年目がかかる症状

http://biomedcircus.com/research_03_36.html こんなのがBioMedサーカスに載ってた。2013年5月の記事。 海外ポスドク二年目がかかる奇病「ポス二病」の七つの症状 7. 日本への情報発信とかを考えはじめる (解説)研究が順調に行ってない人に頻繁に発症する…

日本の研究競争力についての一考察

Weekdayブロガーの漣です。週末はやることが多くてどうしても平日通勤時間/深夜中心の更新になりがち。毎日更新など夢のまた夢ですね。継続されている方々には頭が下がります。 さて、数日前の下記ホッテントリと、それに関連したwattoさんの記事にインスパ…

生物系の新大学院生にオススメしたい本/ブログ/webサイト

日本では新年度がスタートした。ここ数日でオススメ本をオススメするブームが到来しているので、そのビッグウェーブに乗るしかない。 hase0831.hatenablog.jp fujipon.hatenablog.com 偉大なる先達と同じ事をやってもしょうがないので、「生物系の新ゼミ生・…

残り時間と実験の計画と論文と

早いものでもう4月*1。日本では桜が咲き乱れていることだろう。暖冬の影響でこちらも開花は例年より2〜3週間早まるとのこと。 2014年春、留学前最後の桜。Nikon D40 + NIKKOR DX 16-85mm 年度が替わり、何かを始めたり決意したりするのに丁度良い節目だ。医…

学振とかの申請書の書き方について書いてみる

「学振」。研究者の方には馴染みがあり、それ以外の方には何のこっちゃ、という感じだと思います。そろそろ申請のシーズンなので、自分の経験をふまえて色々書いてみようかと。 学振特別研究員という制度 日本学術振興会特別研究員という制度があり、院生 (D…

帰国前追い込みスタート

帰国を数か月先に控え、実験がまた忙しくなってきた。忙しさに並行してブログの更新頻度があがる現象にも名前をつけなければならないが*1、いい案が浮かばない。 ボスから与えられたテーマは4つ。ノルマ (ロシア語だと最近知った)ではないが、何とか全て形に…

ティラノサウルスは聴覚の進化によって大型化した

ヤフーニュースに面白い記事が載っていた。簡単に要約すると、白亜紀中期の新種の化石標本のCT画像を再構成して明らかになった内耳の形態は、1億年前以前の祖先よりも長い蝸牛管を持ち、より進化した大型のティラノサウルスと同様であった。このことから、内…

あれから1年、研究砂漠で何とか生きています

去年の3月は、お世話になった人たちを見送る月だった。 こちらに来てからの生活のセットアップや実験環境の立ち上げがスムーズにいったのは強力な助っ人がいたからで、渡航半年経った去年の今頃に立て続けに帰国することになった彼らを見送る時、無性に心細…

自分の時間を自分でコントロールする権利

www.goodbyebluethursday.com 宮田レイシープさんの、時間の使い方に関する記事の中で、 オフモードの時に、他者によって強制的にオンモードへ切り替えられるのが不愉快なのだ。 就業時間の前に仕事の話をしてくる人は配慮が足りない 「それって今じゃなきゃ…

帰国の予定と人生の計画について

早いものでもう3月。閏年は1日トクした気がする。 目の付けどころがシャープすぎる切り口で愛やらお金やら人生やらをぶった切る整形外科医さんのブログで、医師の人生設計について紹介されていたので言及。 整形外科医のゆるいブログ : 医者の人生プランを考…

風邪の中、プログレスミーティングの準備

数か月ぶり、もしかすると1年ぶりくらいに風邪をひいた。子供からうつされたらしい。 どの職業でもそうだけど体が資本なので、感染防御には気を使っていたつもりだったが、敵は身内にあり!ラボ内のプログレスミーティングが明日に迫り、例によってスライド…

三歩進んで二歩さがる

…のが研究の常だが、前進してるだけまだマシかもしれない。 最近はボスから年末に言い渡された遺伝子群の発現解析をするためにRNAプローブを作ろうとしている。PCRでそれらが目的の時期に発現することがわかったので、次はどこでどのように発現するかをみる…

勝手にブログ紹介

id:next49さんのはてなダイアリー、発声練習がはてなブログにやってきた! next49.hatenadiary.jp 頼まれてもいないのに勝手にお気に入り記事を紹介する。 next49.hatenadiary.jp 人に見てもらったり、ビジネスにつなげるのもブログだけど、自分の考えを言語…

移籍第1号

っていうのは野球やサッカー選手の話だけど、研究者の世界でも環境が変わると大変なのは同じ。 留学してきて1年半、ようやく論文がPublishされた。同僚との共著で、単独筆頭著者ではないのでちょっとアレだけど、それでも嬉しい。 よくみたらこの論文だけで4…

ついに

やっと論文アクセプトの報が届いた。このラボにきて初の論文なので嬉しい。 最初の投稿から3か月、Minor revisionを投稿してから1か月半。昔からすると相当速いほうだ。データの質・量や想定読者層からおのずと雑誌の種類・レベルが決まり、きちんとした査読…

英語力と留学 〜渡航後1年半〜

読んだ。 diamond.jp Aさん「チューさんね、ディス、サンプルね、モア イエローカラーね。モア、イエローカラー」 ダイヤモンドオンラインから引用。 恥ずかしながら、渡航後1年半近く経っても自分の英語力はこのAさんと同程度だ。たぶんリスニングに至って…

軌道修正?

研究の軌道修正の話、病院のファカルティポジションにおける日本との違いなど